1945年、太平洋戦争末期。アメリカ軍はマクベイ館長率いる重巡洋艦インディアナポリス号にある極秘任務を与える。それは最終兵器、原子爆弾の輸送であった。マクベイと兵士たちは、日本軍との激しい戦闘を掻い潜りながらなんとか目的地テニアン島にたどり着く。任務を終え安堵に包まれながら次の目的地へ出発するマクベイ一行。しかしその時、艦内に爆音が鳴り響く。橋本少佐率いる日本軍潜水艦の魚雷が艦に直撃したのだった…